Η Ε.Σ.Α.μεΑ. διοικείται από άτομα με αναπηρίες και από γονείς ατόμων με αναπηρίες που δεν είναι σε θέση να εκπροσωπήσουν τον εαυτό τους. Η Συνομοσπονδία με τη δομή και τη σύνθεση της διασφαλίζει το σεβασμό στην ποικιλομορφία των διαφορετικών κατηγοριών αναπηρίας.
Πανελλαδικό Συνέδριο
Κυρίαρχο όργανο της Συνομοσπονδίας είναι το Πανελλαδικό Συνέδριο των Αντιπροσώπων των Ομοσπονδιών και Σωματείων της δύναμης της. Αυτό αποφασίζει για όλα τα ζητήματα που αφορούν στη Συνομοσπονδία.
Το Γενικό Συμβούλιο
Το Γενικό Συμβούλιο, το οποίο εκλέγεται κάθε τέσσερα χρόνια από το Πανελλαδικό Συνέδριο, είναι το καταστατικό όργανο που διοικεί τη Συνομοσπονδία και αποτελείται από σαράντα εννέα (49) μέλη, εκ των οποίων τα 34 είναι άτομα με αναπηρία και τα 15 είναι γονείς ατόμων με αναπηρία.
Η Εκτελεστική Γραμματεία
Η Εκτελεστική Γραμματεία εκλέγεται από το Γενικό Συμβούλιο και αποτελείται από δεκαπέντε (15) μέλη. Τα μέλη αυτά είναι άτομα με αναπηρίες καθώς και γονείς ατόμων με αναπηρίες. Η δικαιοδοσία της Εκτελεστικής Γραμματείας συνοψίζεται κυρίως στην εκτέλεση των αποφάσεων του Γενικού Συμβουλίου και κατά συνέπεια έχει την ευθύνη λειτουργίας της Συνομοσπονδίας.»
Η Ελεγκτική Επιτροπή
Η Ελεγκτική Επιτροπή εκλέγεται από το Εκλογοαπολογιστικό Συνέδριο και αποτελείται από πέντε (5) μέλη, από τα οποία τα τρία (3) είναι άτομα με αναπηρία και τα δύο γονείς ατόμων με αναπηρία. Έργο της είναι ο έλεγχος και η εποπτεία της οικονομικής διαχείρισης της Ε.Σ.Α.μεΑ. καθώς και ο Διοικητικός Έλεγχος.