Η Συνομοσπονδία διαθέτει ένα ευρύ δίκτυο δευτεροβάθμιων φορών - μελών σ’ ολόκληρη τη χώρα που μαζί με τους πρωτοβάθμιους φορείς - μέλη τους ανέρχονται σε πάνω από 500.
Το δίκτυο αυτό της δίνει τη δυνατότητα αφενός να γνωρίζει σε τοπικό, περιφερειακό και εθνικό επίπεδο, τις ανάγκες και τα προβλήματα που αντιμετωπίζουν σε όλους τους τομείς της ζωής τους τα άτομα με αναπηρία και οι οικογένειές τους, αφετέρου να παρεμβαίνει άμεσα όπου και όταν απαιτείται.
Οι Δευτεροβάθμιοι φορείς - μέλη της Ε.Σ.Α.μεΑ. χωρίζονται στις παρακάτω κατηγορίες:
