Κύρια αποστολή της Συνομοσπονδίας είναι η καταπολέμηση των διακρίσεων σε βάρος των ατόμων με αναπηρία, χρόνιες παθήσεις και των οικογενειών τους και η προώθηση, προστασία και απόλαυση των ανθρωπίνων και συνταγματικά κατοχυρωμένων δικαιωμάτων τους. Ιδίως όσον αφορά στα ανθρώπινα δικαιώματα των ατόμων με αναπηρία, αυτά καθιερώνονται με τη Σύμβαση για τα Δικαιώματα των Ατόμων με Αναπηρία του Οργανισμού των Ηνωμένων Εθνών που η χώρα μας μαζί με το Προαιρετικό της Πρωτόκολλο επικύρωσε με τον Ν. 4074/2012.
Η Συνομοσπονδία, ως η πλέον αντιπροσωπευτική αναπηρική οργάνωση, συμμετέχει στα κέντρα λήψης αποφάσεων και εκπροσωπεί τα άτομα με αναπηρία στο διάλογο με την ελληνική Πολιτεία. Καταρτίζει σχέδιο δράσης, ασκεί συστηματικό έλεγχο των νομοθετικών ρυθμίσεων και διατάξεων και καταθέτει τις προτάσεις της στην ελληνική Πολιτεία για θέματα όπως: η εκπαίδευση, η επαγγελματική κατάρτιση, η απασχόληση, η κοινωνία της πληροφορίας, η προσβασιμότητα.
Η Συνομοσπονδία έχει ως στόχο τη δημιουργία ενός εθνικού πολιτικού πλαισίου για την αναπηρία με έμφαση στην ανάδειξη της κοινωνικοπολιτικής διάστασής της. Η πολιτική που ακολουθεί η Ελλάδα πρέπει να λάβει υπόψη της το κοινωνικό μοντέλο προσέγγισης της αναπηρίας, βάσει του οποίου η Αναπηρία δε πρέπει να ιδωθεί ως ατομικό αλλά ως κοινωνικό, συλλογικό ζήτημα. Οι περιορισμοί που αντιμετωπίζουν τα άτομα με αναπηρία δεν είναι απλώς συνέπεια των δικών τους ατομικών λειτουργικών περιορισμών αλλά συνέπεια της αδυναμίας της κοινωνίας να λάβει υπόψη της τις ανάγκες και της ιδιαιτερότητας των ατόμων αυτών.
Η Συνομοσπονδία είναι ιδρυτικό μέλος του Ευρωπαϊκού Φόρουμ Ατόμων με Αναπηρία (European Disability Forum) που αποτελεί την πιο αντιπροσωπευτική οργάνωση του ευρωπαϊκού αναπηρικού κινήματος, εκπροσωπώντας πάνω από 80 εκατομμύρια ευρωπαίους πολίτες με αναπηρία στο διάλογο με τα θεσμικά όργανα της Ευρωπαϊκής Ένωσης. Το Φόρουμ με τη σειρά του συμμετέχει ενεργά στη Παγκόσμια Οργάνωση για την Αναπηρία (International Disability Alliance), μέσω της οποίας εκπροσωπούνται ένα δισεκατομμύριο πολίτες με αναπηρία από ολόκληρο τον κόσμο. Η συμμετοχή της Ε.Σ.Α.μεΑ. στο ευρωπαϊκό και, μέσω αυτού, στο παγκόσμιο αναπηρικό κίνημα διασφαλίζει όχι μόνο την καθημερινή ενημέρωσή της - και ως εκ τούτου και των φορέων μελών της - επί των πιο πρόσφατων ευρωπαϊκών και διεθνών εξελίξεων στα ζητήματα αναπηρίας, αλλά και την ενεργή συμμετοχή της στη διαμόρφωσή τους. Τα τελευταία χρόνια πρόεδρος του Φόρουμ είναι ο πρόεδρος της Ε.Σ.Α.μεΑ. Ιωάννης Βαρδακαστάνης, ο οποίος από τον Ιούνιο του 2012 είναι και πρόεδρος της IDA.
Η Ε.Σ.Α.μεΑ. κατέχει τη θέση του Κοινωνικού Εταίρου της ελληνικής Πολιτείας σε ζητήματα που αφορούν άμεσα ή έμμεσα στα άτομα με αναπηρία, διαθέτει διαχειριστική επάρκεια Β΄ και Γ΄ Τύπου για την υλοποίηση Έργων συγχρηματοδοτούμενων από την Ευρωπαϊκή Ένωση και έχει οριστεί ως φορέας παροχής «Δια Βίου Μάθησης». Επιπρόσθετα, διαθέτει ένα ευρύ δίκτυο δευτεροβάθμιων φορών - μελών σ’ ολόκληρη τη χώρα με πάνω από 500 πρωτοβάθμιους φορείς - μέλη. Το δίκτυο αυτό της δίνει τη δυνατότητα αφενός να γνωρίζει σε τοπικό, περιφερειακό και εθνικό επίπεδο τις ανάγκες και τα προβλήματα που αντιμετωπίζουν σε όλους τους τομείς της ζωής τους τα άτομα με αναπηρία, χρόνιες παθήσεις και οι οικογένειές τους, αφετέρου να παρεμβαίνει άμεσα όπου απαιτείται.
