Οι αρχές στις οποίες βασίζεται η Συνομοσπονδία είναι οι εξής:

 

Αρχή της αυτο - εκπροσώπησης

Η Συνομοσπονδία διασφαλίζει οι αποφάσεις να λαμβάνονται από τα ίδια τα άτομα με αναπηρία ή τους γονείς τους, σε περίπτωση που τα ίδια τα άτομα δεν μπορούν να εκπροσωπήσουν τον εαυτό τους. 

 

Αρχή της συμμετοχής

Η Συνομοσπονδία υποστηρίζει το δικαίωμα των ατόμων με αναπηρία και των οικογενειών τους να συμμετέχουν πλήρως στα κέντρα λήψης αποφάσεων μέσω των αντιπροσωπευτικών τους οργανώσεων. Βασική αρχή που τη διέπει: "Τίποτα που να αφορά στα άτομα με αναπηρία χωρίς τα άτομα με αναπηρία". 

 

Αρχή της αλληλεγγύης

Η Συνομοσπονδία εργάζεται με στόχο την οικοδόμηση ενός ισχυρότερου και πιο ενωμένου αναπηρικού κινήματος, με ιδιαίτερη προσοχή στα άτομα με βαριές και πολλαπλές αναπηρίες και στα άτομα που υφίστανται πολλαπλές διακρίσεις. 

 

Αρχή της εταιρικότητας

Η Συνομοσπονδία δίνει ιδιαίτερη έμφαση στη συνεργασία με τους Κοινωνικούς Εταίρους και με τις οργανώσεις της Κοινωνίας των Πολιτών. Η σύναψη στενότερων σχέσεων με οργανώσεις που έχουν κοινούς στόχους αποτελεί σημαντική προϋπόθεση για την προώθηση των δικαιωμάτων ιδιαίτερα ευάλωτων ομάδων - πληθυσμού, όπως είναι οι νέοι με αναπηρία, τα άτομα με βαριά αναπηρία, οι γυναίκες με αναπηρία, οι μητέρες των ατόμων με βαριά αναπηρία, οι μετανάστες με αναπηρία.